Khuon war in den 90er-Jahren Intendant des Schauspiels am Niedersächsischen Staatstheater in Hannover. Dort machte er mit seinem innovativen Autorentheater Furore. Seit der Spielzeit 2000/2001 ist er Intendant des Thalia Theaters Hamburg, das 2003 von der Fachjury der Zeitschrift Theater heute zum Theater des Jahres gewählt wurde. In der Spielzeit 2008/09 übernimmt der bisherige Chefdramaturg und stellvertretender Intendant, Oliver Reese, die Leitung des Deutschen Theaters.
