Der 40-jährige Dirigent kann bereits auf eine beachtliche Karriere verweisen: So wurde er 1992 nach seinem Studium in seiner Heimatstadt Tallinn als Stipendiat des DAAD (Deutscher Akademischer Austauschdienst) in die Dirigierklasse von Prof. Klauspeter Seibel an der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg aufgenommen. 1998 wur-de er dann zunächst zum ersten Gastdirigenten und nur ein Jahr später zum Generalmusikdi-rektor des Theaters „Vanemuine“ und des Vanemuise Sümfooniaorkester in Tartu, Estland berufen, wo er bis 2004 blieb und in dieser Zeit die Möglichkeit hatte, u. a. Carl Nielsens „Maskerade“, Tschaikowskys „Eugen Onegin“, Puccinis „Tosca“ und „La Bohème“ sowie eine Vielzahl von Sinfoniekonzerten zu leiten. 2002 wurde Kütson zudem ins Förderprogramm „Dirigentenforum“ des Deutschen Musikrats aufgenommen und erhielt 2006 als erster Preisträger den neu initiierten „Deutschen Dirigentenpreis“.
Weitere Stationen führten ihn als Ersten Kapellmeister von 2002 bis 2006 ans Staatstheater Hannover. Dort dirigierte er u. a. die Premieren von Verdis „Il trovatore“, Mascagnis „Cavalleria rusticana“ und Leoncavallos „I Pagliacci“, Mozarts „Così fan tutte“ und „Eine Nacht in Venedig“ von J. Strauß sowie die Wiederaufnahmen von „Elektra“, „Aida“ und „Il barbiere di Siviglia“ und Vorstellungen von „Madame Butterfly“, „Turandot“ und „Hänsel und Gretel“.
Darüber hinaus führten Kütson zahlreiche Gastverträge beispielsweise an die Deutsche Oper am Rhein Düsseldorf/Duisburg, die Staatstheater Kassel und Darmstadt und an das Tiroler Landestheater. Beim renommierten Edinburgh International Festival leitete er 2004 sogar das Gastspiel von Giuseppe Verdi „Il trovatore“ der Staatsoper Hannover. Im vergangenen Jahr debütierte er erfolgreich an der Semperoper Dresden. Diese Zusammenarbeit wird in der kommenden Saison mit der Wiederaufnahme von Mozarts „Don Giovanni“ fortgeführt.
In 2011 dirigierte Kütson zudem erstmals bei der Warsaw Philharmonic. Außerdem ist für dieses Jahr auch noch eine Zusammenarbeit als Gastdirigent mit der Komischen Oper Berlin geplant. Im kommenden Jahr folgen dann Wiedereinladungen der Sächsischen Staatskapelle Dresden, des Rundfunk-Sinfonieorchesters Berlin, des NDR Sinfonieorchesters und der Dortmunder Philharmoniker sowie ein Debüt beim WDR Rundfunkorchester Köln. Mihkel Kütson ist verheiratet und hat drei Kinder.
