Von 2005 bis 2009 war Preuß auch Künstlerischer Leiter des Heidelberger Stückemarkts. Im Zentrum seines Interesses standen dabei die Dramatiker, die Förderpreise wurden stark ausgebaut. 2005 war er mit Intendant Peter Spuhler von Tübingen nach Heidelberg gewechselt. Junge Autoren, ungewöhnliche Projekte und zeitgenössische Interpretationen großer Klassiker, vor allem aber auch viele Ur- und Erstaufführungen gewannen dem Heidelberger Ensemble viel Aufmerksamkeit. Dass das Heidelberger Haus den Ruf eines Sprungbrett-Theaters genießt, beweist nicht nur Preuß´ Wechsel ans traditionsreiche Staatstheater in Braunschweig. In den vergangenen Jahren wurden immer wieder Heidelberger Schauspieler, Regisseure und Dramaturgen von größeren Häusern wie dem Berliner Ensemble, dem Staatstheater Kassel oder dem Niedersächsischen Staatstheater Hannover engagiert.
Der Heidelberger Intendant Peter Spuhler gratulierte seinem langjährigen engsten Arbeitspartner herzlich zur neuen Aufgabe: „Heidelberg, sein Theater und ich persönlich haben Axel Preuß sehr viel zu verdanken. Mit Umsicht hat er ein spielstarkes Schauspielensemble aufgebaut, für das wir von vielen beneidet werden. Mit markanten Regiehandschriften machen wir bundesweit auf uns aufmerksam. Joachim Klement und Braunschweig gewinnen einen hervorragenden Chefdramaturgen. Ich danke Axel Preuß für elf Jahre sehr persönlicher, ausgezeichneter und immer vertrauensvoller Zusammenarbeit!“
Neuer Schauspieldirektor in Heidelberg wird Jan Linders, der seine Arbeit im Herbst 2009 aufnimmt – Axel Preuß will vor seinem neuen Engagement zunächst noch auf Auslandsreisen gehen.