Auch in seiner sich darin anschließenden Zeit als Professor und Szenischer Leiter der Opernschule der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart inszenierte er bis 1986 an der Stuttgarter Oper. In Stuttgart brachte Ernst Poettgen 62 Neuinszenierungen auf die Bühnen des Großen Hauses und des Kammertheaters, darunter 23 Stuttgarter Erstaufführungen, drei deutsche Erstaufführungen, eine westdeutsche Erstaufführung und drei Uraufführungen. Außer in Stuttgart inszenierte Ernst Poettgen u.a. in Berlin, Hamburg, Düsseldorf, Köln, München, Athen, Dallas, Lyon, Montreal, Wien, Zürich, Salzburg und Florenz. Mit dem Teatro Colón Buenos Aires, dem Théâtre Royal de la Monnaie in Brüssel, der Lyric Opera of Chicago und den Ludwigsburger Schlossfestspielen verband ihn eine langjährige Zusammenarbeit.
Als Oberspielleiter der Staatsoper Stuttgart inszenierte Ernst Poettgen Opern aller Epochen der Musiktheatergeschichte, darunter auch zahlreiche Werke des 20. Jahrhunderts, u.a. mit Uraufführungen von Hans Werner Henze, Paul Hindemith, György Ligeti und Hermann Reutter. Mit seinen Inszenierungen in der Reihe „Beispiele“ im Kammertheater setzte Ernst Poettgen neue Maßstäbe in den Bereichen Kammeroper und Neue Musik. Für seine Verdienste um die Staatsoper Stuttgart wurde er 1998 zum Ehrenmitglied der Staatstheater Stuttgart ernannt.
