1979 verließ er Polen und ging zu Johann Kresnik an das Stadttheater Heidelberg. Von 1981 bis1989 tanzte er im Ensemble der Bayerischen Staatsoper, wo er sich in Stücken von John Neumeier, John Cranko, Youri Vàmos, Jirí Kylián, Hans van Manen u.a. rasch zu einem prägenden Protagonisten entwickelte, zahlreiche Rollen kreierte und auch zu choreographieren begann. 1992 wurde Tomasz Kajdanski als Ballettdirektor an das Volkstheater Rostock berufen, wohin er nach Engagements in gleicher Position in Coburg (1995-1997) und Kiel (1997-1998) 1999 zurückkehrte und bis 2003 blieb. Neben zahlreichen eigenen Arbeiten entstanden Choreographien für Oper, Operette, Musical und Schauspiel. Seit Sommer 2004 ist Tomasz Kajdanski Leiter des Tanztheaters und Chefchoreograph am Landestheater Eisenach. Seine ersten beiden Produktionen „Abraxas“ von Werner Egk und „Tschaikowsky“ über das Leben des russischen Komponisten bescherten ihm euphorische Kritiken. Orffs „Carmina Burana“, die als Koproduktion mit den Orff-Festspielen in Andechs bei München herauskam, war durchgehend ausverkauft.
Im Herbst 2006 wurde er als einer der drei besten Choreographen Deutschlands mit „Tschaikowsky“ für den ersten deutschen Theaterpreis „DER FAUST“ nominiert. Seine Choreographiearbeit „Elisabeth.Ikone“ feierte 2007 und 2008 fulminante Erfolge am Landestheater Eisenach und am Südthürinigschen Staatstheater Meiningen. Sie wurde in der Zeitschrift „ballettanz“ im Rahmen einer internationalen Kritikerumfrage als weltweit bedeutende Tanztheater-Produktion eingestuft. Kajdanskis jüngste Arbeit, „Peer Gynt“ erzählt Henrik Ibsens Geschichte mit Bildern, die den Atem stocken lassen. Sein Peer Gynt kommt aus dem Hier und Jetzt, er ist ein Mensch des 21. Jahrhunderts.
